Ngày 23/10, Ban chỉ huy Phòng, chống thiên tai & Tìm kiếm cứu nạn (PCTT&TKCN) tỉnh Phú Thọ đã gửi văn bản số 363/BCH-CQTT lên Chủ tịch UBND tỉnh Phú Thọ, kiến nghị chấm dứt công tác tìm kiếm các nạn nhân còn mất tích trong sự cố sập cầu Phong Châu. Theo báo cáo, mặc dù đã triển khai các nỗ lực cứu nạn và tìm kiếm quy mô lớn, nhưng tình hình tại hiện trường phức tạp khiến công tác gặp nhiều khó khăn.
Ngay sau sự cố sập cầu, Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh đã thiết lập hai sở chỉ huy tại hiện trường, chỉ huy và phối hợp với các lực lượng trong việc tìm kiếm các nạn nhân mất tích. Qua nhiều đợt tìm kiếm, bốn người mất tích đã được tìm thấy, nhưng vẫn còn bốn thi thể chưa thể xác định vị trí. Công tác tìm kiếm phải đối mặt với dòng nước sông Hồng chảy xiết, lượng lớn bùn và rác thải dưới đáy sông, cùng tầm nhìn dưới nước hạn chế do phù sa và nước sông đục ngầu.
Để hỗ trợ công tác cứu nạn, Phú Thọ đã đề nghị sự giúp đỡ từ Bộ Quốc phòng. Ngày 30/9, Lữ đoàn 126 của Quân chủng Hải quân, với 40 binh sĩ cùng các thiết bị hiện đại, đã phối hợp cùng Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh tổ chức tìm kiếm. Đội lặn bắt đầu công việc từ ngày 1/10, thực hiện tổng cộng 66 ca lặn từ khu vực cầu Phong Châu về phía hạ lưu sông Hồng, đánh dấu 25 vị trí nghi ngờ, phát hiện hai giàn cầu N6 và N7. Đội cũng thực hiện 10 lượt lặn theo yêu cầu từ gia đình các nạn nhân, mở rộng tìm kiếm từ cầu Phong Châu đến cầu Văn Lang. Tuy nhiên, điều kiện hiện trường dưới lòng sông vẫn không cải thiện: nước chảy mạnh, phù sa tích tụ nhiều, và lượng rác lớn làm cho công tác không đạt được hiệu quả mong muốn.
Trước những trở ngại đó, Ban chỉ huy PCTT&TKCN đã kiến nghị UBND tỉnh Phú Thọ xem xét quyết định dừng công tác tìm kiếm từ ngày 24/10, để các lực lượng tham gia như Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh, Lữ đoàn 126, và các đơn vị liên quan trở về nhiệm vụ thường trực tại đơn vị.
Ngoài ra, Ban chỉ huy cũng đề xuất giao nhiệm vụ cho Sở Giao thông Vận tải chủ trì tiếp tục tháo dỡ, trục vớt phần còn lại của các giàn cầu N6 và N7 cùng các phương tiện đang chìm dưới sông, nhằm bảo đảm an toàn giao thông và hạn chế rủi ro. Đồng thời, lực lượng Binh chủng Công binh, cùng các đơn vị tại huyện Lâm Thao và Tam Nông, sẽ duy trì hoạt động cầu phao và phà Phong Châu, đảm bảo an toàn tuyệt đối cho người dân qua lại trong khi chờ đợi các giải pháp lâu dài.